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一起发生在重症监护中心的耳念珠菌的感染暴发和感染控制

发布日期:2018-11-08来源:SIFIC感染循证资讯发布人:JANNY1732

检索:陈文森  

翻译:孔懿  

审核:陈文森  廖丹 

点评:陈文森

 

耳念珠菌是一种新出现的、多重耐药的病原体,最近在世界范围内造成多起感染暴发,它通常发生在重症监护病房(intensive care unitsICU)2009年它曾在一位日本患者的耳道中检出,并在2011年韩国造成一例血流感染。 全基因组测序揭示了不同大陆和次大陆上真菌的遗传分离,其中包括东亚、南亚、南美、南非。自2004年国际上共收集15,271种侵入性耳念珠菌的亚型。研究者从中重新鉴定了4种亚型,最终认为耳念珠菌已成为新的临床问题。耳念珠菌作为一种古老的具有明确的地理分布特性的系统发育菌株,同时又在全球引起新的感染高峰。研究者对这一悖论的理解尚不全面。它可能与以下因素有关,其在自然环境中生态位发生改变,预防和治疗真菌方法有所改变,诊断和鉴定技术的改变,以及医疗环境中的其他因素的改变。

在欧洲,耳念珠菌曾在英国、西班牙、挪威和德国检出。最大的一次感染暴发发生在20154月至201611月伦敦的一家心胸外科ICU,涉及72位患者。

20166月美国和英国曾发出警报,牛津大学附属医院NHS信托基金组织的一项回顾性调查中,发现在201522日至20161016日期间有4位耳念珠菌定植患者和5位感染患者。这9位患者中,8位诊断前曾入住神经科ICU。所有的耳念珠菌菌株均为前瞻性鉴定。20161024日对患者和环境开展耳念珠菌筛查。

特此,我们报道该事件的耳念珠菌的流行病学。我们描述定植的危险因素、持续时间、感染率、暴发的分子流行病学以及实施的感染控制的措施。

方法

机构

牛津大学附属医院NHS信托基金由四所教学医院组成(1225张床),向英国牛津郡(约600,000人口)以及周边地区提供二级和三级的医疗服务。我们的神经科ICU拥有16张病床,其中13张为开放式大通铺,另外3张为单间。每年入院病人约650人次。我们对在201522日至2017831日的耳念珠菌的定植和感染患者进行研究,并回顾201211日后的所有记录(参见补充附录,可在NEJM.org上有查看全文)。

伦理

我们开展了针对患者和环境的筛查,作为是医院常规感染控制措施的一部分。 菌株的测序不需要伦理学批准。 我们在牛津郡研究伦理委员会和国家保密咨询小组批准下,对经过鉴定的电子病历进行了分析。

患者和环境筛查

20161024日开始实施针对耳念珠菌的常规筛查。所有患者在入神经科ICU时、出院时以及每周接受筛查。筛查采用来自鼻腔、腋窝、腹股沟、气管造口(如果存在)、伤口拭子标本的培养,以及尿培养。从201711日到201775日,腋窝和腹股沟拭子的筛查频率由每周一次改为每周三次,以便更早地检测到定植,并在入院和出院时也进行筛查。在相邻的神经科病房也开展针对患者的每周筛查。当患者标本中检出阳性后仍继续以上的定期筛查。使用基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪(MALDI-TOF)鉴定分离菌株,并通过肉汤微量稀释进行抗真菌药敏试验。

定义

我们进行了一项病例对照研究,以确定入住神经科ICU的患者的耳念珠菌定植和感染的危险因素。病例组患者为在定植或感染耳念珠菌前曾入住神经科ICU的患者(如,耳念珠菌筛查为阳性或临床标本分离到耳念珠菌)。对照组患者为曾入住神经科ICU但未获得耳念珠菌的定植或感染的患者。他们有一次或一次以上的耳念珠菌筛查的阴性结果。这些患者拥有入住神经科ICU相同的风险因素,但未发生定植或感染。

全基因组测序

我们对所有储存在我们微生物实验室的来自患者和环境的第一次检出的耳念珠菌到最后一次检出的菌株进行基因测序。来自多个时间点的样品、以及来自相同时间点的多个样品在患者的随机亚组中测序。在DNA提取之前,挑取来自原代培养板的612个菌落进行传代培养以测序。使用Illumina MiSeq进行全基因组测序,将读数映射到特定于暴发的参考序列,这个序列通过Oxford Nanopore MinION的一个分离物的长读序列产生。

将序列与单核苷酸多态性(SNP)、最大似然系统发育(maximunlikehood phylogenies)和贝叶斯时间尺度系统发育(Bayesian time-scaled phylogenies)进行比较 。因为通过汇集612个真菌菌落产生序列,我们使用先前描述的概率方法来确定何时存在序列混合物。

统计分析

通过使用具有后退Logistic回归(退出P> 0.1)来确定与每位患者第一次耳念珠菌定植或感染相关的因素,允许连续因子和相互作用的非线性效应(参见补充